Заслуженный врач РФ, доктор медицинских наук, профессор.
В 1985 году окончил с отличием Московский Медицинский Стоматологический институт им. Н. А. Семашко.
В 1993 году защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по теме: «Оптимизация и клинико-лабораторное обоснование абляционных режимов импульсно-периодической СО-лазерной установки при операциях на челюстных костях и органах полости рта».
В 2001 году защитил диссертацию на соискание ученый степени доктора медицинских наук по теме: «Принципы прогнозирования и профилактики осложнений при дентальной имплантации (клинико-лабораторные исследования)».
Под его руководством защищены 14 кандидатских и 2 докторские диссертации, а также утверждены и выполняются кандидатские и докторские диссертации в области стоматологической имплантологии, судебной стоматологии, реконструктивной пародонтологии и одонтосохраняющим биотехнологиям. За последние годы Базикяном Э. А. внесен значительный вклад в разработку методов по дентальной имплантации, одонтосохраняющим и клеточным технологиям. Разработанные им методы внедрены в практическую деятельность кафедр Московского медико-стоматологического университета (МГМСУ) и ряда стоматологических учебных и лечебных учреждений страны и города Москвы.
С 2003 года Базикян Э. А. назначен заведующим отдела аспирантуры и докторантуры МГМСУ, а с 2004 года он возглавил кафедру пропедевтической стоматологии МГМСУ.
С 2007 года профессор Базикян Эрнест Арамович работал в должности проректора по учебной работе и стратегическому развитию МГМСУ.
В 2009 году ему присвоено звание Заслуженного врача РФ. Педагог высшей школы 2012 года.
Автор 250 статей, 8 патентов, в том числе 3-х учебников по пропедевтической стоматологии, 23-х учебных пособий, 2-х монографий и атласов по медицинскому инструментарию.