Родился в городе Такома, штат Вашингтон. Окончил Вашингтонский университет в Сиэттле. Прежде, чем стать профессиональным писателем, работал репортером и редактором различных газет.
Первая публикация в фантастике - рассказ «Looking for Something?» в журнале «Startling Stories» (1952). На протяжении 50-х годов издал в журналах полтора десятка рассказов и роман «The Dragon in the Sea» (1955), однако известность приобрел после публикации в журнале «Analog» в 1963-64 годах романа «Dune World», который стал первой частью романа «Дюна». В 1965 году этот роман вышел отдельным изданием, был удостоен премий «Небьюла» и «Хьюго» как лучшая фантастическая книга года и быстро стал одной из самых популярных фантастических романов XX века. В последующие годы Херберт написал несколько продолжений этого романа - «Dune Messiah» (1969), «Children of Dune» (1976), «God Emperor of Dune» (1981), «Heretics of Dune» (1984) и «Chapter House Dune» (1985). В 1984 году Дэвид Линч поставил по первому роману цикла художественный фильм «Дюна». По результатам голосования, проведенного среди подписчиков журнала «Locus» в 1998 году, «Дюна» была признана «лучшей фантастической книгой всех времен».
Другие книги Херберта не получили известности, сравнимой с известностью «Дюны». Среди них выделяются «The Green Brain» (1966), «Destination: Void» (1966), «The Eyes of Heisenberg» (1966), «The Heaven Makers» (1968), «The Santaroga Barrier» (1968), дилогия «Whipping Star» (1970) и «The Dosadi Experiment» (1977).
