Майкл Шейбон родился 24 мая 1963 года в Вашингтоне, в семье юристов-евреев. Писателем мечтал стать с самого детства. Свой дебютный роман «Тайны Питтсбурга» (The Mysteries of Pittsburgh) Шейбон написал в бытность студентом, причем сделал это в рамках научного исследования. Однако университетский профессор Дональд Хейни, который сам пописывал книги, послал рукопись своего студента собственному литературному агенту. Роман удалось продать издательству за сенсационный аванс в 155 тысяч долларов — по тем временам абсолютный американский рекорд. Книга вышла в 1988 году и стала бестселлером, моментально возведя Шейбона в ранг литературной знаменитости.
Над своим вторым романом Шейбон тщательно трудился пять лет. Однако книга Fountain City внушала ему отвращение. И хотя он получил за роман солидный аванс, Шейбон никак не мог решиться отдать его в издательство, ибо чувствовал — получился полный отстой. И вдруг Шейбона посетило вдохновение — за считанные недели он написал черновик новой книги, «Вундеркинды» (Wonder Boys). Через полгода доработки роман был передан в издательство, опубликован в 1995 году и имел внушительный успех.
В это время Шейбон увлекся комиксами. Плодом увлечения стал опубликованный в 2000 году роман «Приключения Кавалера и Клея» (The Amazing Adventures Kavalier & Clay) — история двух молодых евреев, которые в 1940-х годах создали невероятно популярную серию комиксов. Роман стал американским бестселлером и в 2001 году выиграл Пулитцеровскую премию.
В 2002 году вышел фантастический дебют Шейбона — роман детского фэнтези «Саммерленд, или Летомир» (Summerland), который в 2003 завоевал Mythopoeic Fantasy Award. В 2004 — 2006 годах Шейбон также принял участие в создании серии антологий комиксов The Amazing Adventures Escapist, которые выходили в издательстве Dark Horse. За свои труды в области комиксов в 2005 году Шейбон получил главную жанровую премию Eisner Award.
В 2007 году появился псевдоисторический роман Шейбона Gentlemen of the Road, который критики окрестили «еврейским Конаном». Вскоре вышел «Союз еврейских полисменов» (The Yiddish Policemen's Union), собравший целый урожай престижнейших премий. Ныне писатель работает над новым романом в жанре юношеского фэнтези.
Стоит отметить, что в целом ряде произведений Шейбона (например, романе «Вундеркинды» или рассказе Smoke) разбросаны намёки на некую общую вселенную, в которой и происходят рассказываемые истории.
Майкл Шейбон был также одним из сценаристов фильма «Человек-Паук 2».
