Окончил романо-германский факультет Московского государственного педагогического института (1982). Работал три года в журнале «Ровесник», затем 10 лет школьным учителем (в физико-математической школе № 444 города Москвы, где преподавал немецкий и английский языки). Женился на швейцарке и с 1995 г. живёт в Швейцарии, в Цюрихе.
Публикуется с 1993 г. (рассказ «Урок каллиграфии» в журнале «Знамя»). Автор романов «Всех ожидает одна ночь» (1993), «Взятие Измаила» (2000, Букеровская премия), «Венерин волос» (2005, премия «Национальный бестселлер»; 2006, премия «Большая книга»), «Письмовник» (2010), литературно-исторического путеводителя «Русская Швейцария» (1999, премия кантона Цюрих). По-немецки Шишкин написал книгу эссеистики «Монтрё—Миссолунги—Астапово: По следам Байрона и Толстого» (нем. Montreux-Missolunghi-Astapowo, Auf den Spuren von Byron und Tolstoj; 2002); после выхода в 2005 г. перевода этой книги на французский язык она была награждена во Франции премией за лучшую иностранную книгу года (в номинации «Эссе»). В 2006 году Евгений Каменькович поставил в Московском театре «Мастерская П. Фоменко» спектакль «Самое Важное» по роману Шишкина «Венерин волос».
Проза Шишкина сочетает в себе лучшие черты русской и европейской литературных традиций, беря от Чехова, Бунина, Набокова богатство словаря, музыкальность и пластичность фразы, тонкий психологизм и естественный, недекларативный гражданский пафос, а от западных авторов в лице, прежде всего, Джойса и мастеров «нового романа» — принцип смены стилей и повествовательных инстанций внутри одного произведения, фрагментарность композиции, перенос центра тяжести текста с сообщения на язык.
