Народився у Ленінграді. Закінчив математико-механічний факультет Ленінградського Державного університету за спеціальністю «зірковий астроном». Працював у Пулківській обсерваторії. З 1966 року – професійний письменник, член Спілки Письменників СРСР.
Майже всі мистецькі твори написані у співавторстві з братом Аркадієм Натановичем Стругацьким. 1958 року вийшли перші їхні твори («Ззовні», «Спонтанний рефлекс» та ін.), 1959 року — дебютна книга (повість «Країна Багрових Хмар»).
Практично всі твори братів Стругацьких сіали класикою вітчизняної (і не лише вітчизняної) фантастики. Найбільш відомі такі твори, як «Важко стати богом», «Равлик на схилі», «Хвилі гасять вітер», «Жук у мурашнику», «Понеділок починається в суботу», «Малюк», «Стажери» та «Далека Веселка».
Нині Борис Стругацький свої літературні твори пише під псевдонімом «С. Вітіцький». З 1972 року керує Ленінградським (Петербурзьким) семінаром молодих письменників-фантастів, відомим як Семінар Бориса Стругацького. Голова та єдиний член журі премії «Бронзовий равлик». Член Літературного Журі та голова номінаційної комісії премії «Мандрівник». Разом з Аркадієм Стругацьким був лауреатом багатьох російських та зарубіжних літературних премій, включаючи премії «Аеліта» та «Велике Кільце», премію Жюля Верна (Швеція), приз «За незалежність думки» (Велика Британія). Лауреат премії «Мандрівник» (як «С. Вітіцький»). Ім'ям братів Стругацьких названа мала планета у вастероїдному поясі Сонячної системи.
