Народився у місті Такома, штат Вашингтон. Закінчив Вашингтонський університет у Сіетлі. Перш, ніж стати професійним письменником, працював репортером та редактором різних газет.
Перша публікація у фантастиці – оповідання «Looking for Something?» у журналі «Startling Stories» (1952). Протягом 50-х років видав у журналах півтора десятки оповідань і роман «The Dragon in the Sea» (1955), проте популярність набув після публікації в журналі «Analog» у 1963-64 роках роману «Dune World», який став першою частиною роману «Дюна». У 1965 році цей роман вийшов окремим виданням, був удостоєний премій «Небьюла» та «Хьюго» як найкраща фантастична книга року та швидко став однією з найпопулярніших фантастичних романів XX століття. У наступні роки Херберт написав кілька продовжень цього роману - «Dune Messiah» (1969), «Children of Dune» (1976), «God Emperor of Dune» (1981), «Heretics of Dune» (1984) і «Chapter House Dune» (1985). 1984 року Девід Лінч поставив за першим романом циклу художній фільм «Дюна». За результатами голосування, проведеного серед передплатників журналу «Locus» у 1998 році, «Дюна» була визнана «найкращою фантастичною книгою всіх часів».
Інші книги Херберта не здобули популярності, порівнянної з популярністю «Дюни». Серед них виділяються The Green Brain (1966), Destination: Void (1966), The Eyes of Heisenberg (1966), The Heaven Makers (1968), The Santaroga Barrier (1968), дилогія Whipping Star (1970) і The Dosadi Experiment (1977).
