Марія Гімбутас народилася 23 січня 1921р. в родині лікаря, громадського діяча, автора книг по литовської історії і медицині Даніелюса Альсейкі (1881-1936) і лікаря-окуліста і громадського діяча Вероніки Альсейкене. У 1931р. сім'я переїхала в Каунас. Післязакінчення гімназії в 1938р. Марія навчалася на гуманітарному відділенні Університету Вітаутаса Великого, закінчила Вільнюський університет в 1942 році. Вийшла заміж за архітектора і діяча литовської друку Юргиса Гімбутас. У 1944 році разом з чоловіком виїхала в Німеччину. У 1946 році закінчила університет в Тюбінгені. З 1949 року жила в США, працювала в Гарвардському і Каліфорнійському університетах.
Померла в Лос-Анджелесі; 8 травня 1994 прах перепохований на Петрашюнском кладовищі в Каунасі.
Гімбутас - автор 23 монографій. Внесла значний вклад у вивчення найдавнішої історії індоєвропейських народів і, зокрема, слов'ян.
