Родился 30 августа 1974 г. в Москве в семье педагогов. Крещен в младенческом возрасте. С детства и до поступления в Московскую духовную семинарию был прихожанином храма Воскресения Словущего, что в Брюсовом переулке г. Москвы.
В 1991 г. закончил среднюю школу в Москве.
В 1991-1993 гг. учился в Московской духовной семинарии.
В 1994-1998 гг. учился в Московской духовной академии. Защитил кандидатскую диссертацию на кафедре церковной археологии по теме «Традиции церковного шитья на Руси».
31 марта 1995 г. в Троицком соборе Троице-Сергиевой лавры ректором Московских духовных школ епископом Дмитровским Филаретом (Карагодиным) пострижен в монашество с именем Иоанн в честь преподобного Иоанна Лествичника.
18 апреля 1995 г. в Покровском академическом храме Троице-Сергиевой лавры епископом Верейским Евгением (Решетниковым) рукоположен во иеродиакона.
В годы учебы в МДС нес певческое послушание в хоре МДАиС и регентское послушание в храме Зачатия праведной Анны, что в Углу, в Китай-городе г. Москвы. В период обучения в МДА нес послушание в Церковно-археологическом кабинете при МДАиС.
По окончании МДА в 1998-2001 гг. служил в храмах г. Москвы.
С 25 февраля 2001 г. – штатный клирик Воскресенского кафедрального собора г. Ровно. 31 марта 2001 г. в Воскресенском кафедральном соборе г. Ровно архиепископом Ровенским и Острожским Варфоломеем (Ващуком) рукоположен во иеромонаха.
С апреля 2001 г. — штатный священник Воскресенского кафедрального собора г. Ровно.
15 апреля 2001 г. архиепископом Ровенским Варфоломеем возведен в сан игумена.
11 мая 2003 г., в неделю жен-мироносиц, архиепископом Ровенским Варфоломеем возведен в сан архимандрита.
15 января 2004 г. почислен за штат с правом перехода в Костромскую епархию согласно поданному прошению.
13 мая 2004 г. назначен наместником Свято-Троицкого Ипатьевского монастыря г. Костромы.
Решением Священного Синода от 5-6 октября 2011 г. избран епископом Магаданским и Синегорским.
7 октября 2011 г. Святейший Патриарх Кирилл в Тронном зале Патриарших покоев Троице-Сергиевой лавры возглавил чин наречения архимандрита Иоанна (Павлихина) во епископа Магаданского.
12 октября 2011 г. за Божественной литургией в храме св. Александра Невского в г. Балтийске Святейший Патриарх Кирилл возглавил хиротонию архимандрита Иоанна (Павлихина) во епископа Магаданского и Синегорского.
