Шамиль Ганцев родился 19 апреля 1951 года в городе Уфа, Республика Башкортостан. От родителей получил свои первые уроки трудолюбия и доброты. В 1968 году с золотой медалью окончил среднюю школу № 2 родного города. Уже в школе проявились творческая активность и организаторский талант будущего профессора. Являлся деятельным участником различных конкурсов, олимпиад по математике, физике и химии, спортивных соревнований.
Когда по окончании школы встал вопрос о выборе профессии, значительное влияние на Шамиля Ханафиевича оказал пример старшей сестры, Халиды Ханафиевны Ганцевой, студентки Башкирского государственного медицинского университета, ставшей в дальнейшем доктором медицинских наук, профессором, заведующей кафедрой внутренних болезней БГМУ.
С именем профессора Шамиля Ганцева связан этап информатизации высшего профессионального медицинского образования в Республике Башкортостан и России. В 2000 году совместно с главным онкологом России академиком Российской Академии Медицинских Наук Валерием Чиссовым издан первый российский мультимедийный учебник «Онкология», мультимедийные пособия, тесты по онкологии, получившие высокую оценку на уровне Республики Башкортостан и на уровне Проблемной учебно-методической комиссии по онкологии России.
Шамиль Ганцев является автором ряда книг, входящих в число лучших учебных изданий для системы высшего и дополнительного профессионального медицинского образования России по онкологическому профилю. Выступает автором учебника «Онкология».
Ряд фундаментальных научных исследований профессор Ганцев ведет в сотрудничестве с зарубежными коллегами. Так, разработка «Создание нового метода лечения рака молочной железы на основе препаратов, полученных путем стимуляции и индукции неолимфангиогенеза», руководителем которой является Шамиль Ханафиевич, получила статус участника проекта создания Инновационного центра «Сколково». В число участников работы вошли профессор Мелоди Шварц, профессор Казуо Умезава и профессор Дамир Хисматуллин.
Ганцев создал научно-практическую школу онкологов Республики Башкортостан, одну из наиболее авторитетных в Российской Федерации. За годы научно-педагогической деятельности им подготовлены семнадцать докторов наук и более ста двадцати кандидатов наук. С 1997 по 2012 год Шамиль Ганцев являлся председателем диссертационного совета по онкологии при Башкирском государственном медицинском университете.
Параллельно доктор медицинских наук выступал главным редактором журналов «Креативная хирургия и онкология» и электронного «Креативная онкология и хирургия», членом редакционных коллегий пятнадцати медицинских журналов, в числе которых «Российский онкологический журнал», «Медицинский вестник Башкортостана», «Biomedicine & Pharmacotherapy», «Cancer Research Updates», «Oncology Research».
Также Ганцев является членом Этического комитета Министерства здравоохранения Российской Федерации, Совета по науке при Главе Республики Башкортостан, Экспертной комиссии по присуждению Государственных премий РБ в области науки и техники, Экспертного совета при Комитете Государственного Собрания - Курултая РБ по здравоохранению, социальной политике и делам ветеранов.
